Thanh tra Satou và Takagi trong một lần bắt truy bắt tội phạm và làm chúng bị thuơng, một trong số chúng trong cơn hôn mê đã nhắc đến đảo Koumi.Thật tình cờ, đó cũng là nơi mà Kogoro Mouri, Ran, Sonoko, cùng đội thám tử nhí nghỉ mát. Koumijima (Đảo Koumi) là một hòn đảo đẹp nằm trên biển Thái Bình Dương. Nơi đây có một truyền thuyết nói rằng có một ngôi nhà cổ nằm dưới đáy biển được gọi là "Biệt thự dưới đáy biển" cùng với 2 nữ cướp biển, "Anne Bonney" và "Mary Read", họ đã để lại số kho báu từ khỏang 300 năm trước.Ở nơi đó Conan đã gặp phải bọn săn lùng kho báu. Một trong những gã đó khi đang tìm kiếm "Biệt thự dưới đáy biển" thì bị cá mập tấn công rồi chết. Sau đó họ phát hiện rằng máu của cá đã được trét …